Наиболее частые причины того, что сайт неожиданно выпал из индекса - некорректная настройка файла robots.txt (либо ограничение индексации сайта тегом), а также проблема с кодом ответа сервера (например 500 ошибка или 404 код ответа или лишние редиректы).
Решение:1. Проверьте, разрешено ли сканирование сайта, например, в Яндекс Вебмастере -
https://webmaster.yandex.ru/tools/robotstxt.
2. Проверьте ответ сервера (должен быть 200), сделать это можно, например, в Вебмастере -
https://webmaster.yandex.ru/tools/server-response/